病原生物学与免疫学实验室前身是1956年重庆医科大学建校时建立的医学微生物学与免疫学教研室、人体寄生虫学教研室。1981年医学微生物学、免疫学获硕士学位授予权，1983年人体寄生虫学获硕士学位授予权。1999年医学微生物学及免疫学、人体寄生虫学实验室成为重庆市的首批合格实验室，2002年人体寄生虫学与医学微生物学一起以“病原生物学”课程批准为重庆医科大学和重庆市教委的重点建设课程。2005年病原生物学获博士学位授予权。2007年，根据“高等学校实验教学示范中心建设和评审工作的通知”（教高〔2005〕8号）精神，方便实验教学统一管理，学校成立了独立的“实验教学管理中心”，基础医学实验教学中心为下属二级管理单位，病原生物学与免疫学实验室成为基础医学实验教学中心下属实验室。2008年，基础医学实验教学中心被评为重庆市和国家教委高等学校实验教学示范中心建设单位，2012年通过验收，成为国家教委高等学校实验教学示范中心。

病原生物学与免疫学实验室占地面积约1500㎡，含有学生实验室13间，实验准备室3间，清洗消毒存放室1间。其中，1间微生物学实验准备室和4间学生实验室为二级生物安全实验室（BSL-2实验室或P2实验室）。实验室拥有荧光显微镜、生物安全柜、厌氧培养箱等先进仪器设备350余件，设备总值约365万元。实验室由实验教学管理中心和基础医学院共同管理，负责实验课程运行和课程建设。实验室与仪器设备实行开放共享。

病原生物学与免疫学实验室现有人员29人，其中实验室技术人员7人，兼职教师22人。其中高级实验师2人，教授8人，副教授10人，博导2人，硕导13人，博士19人。重庆医科大学钱惪名师1人，校级优秀教师4人次。

病原生物学与免疫学实验室承担全校30余个专业的病原生物学与免疫学实验、病原生物学实验、临床微生物学检验实验、临床免疫学技术实验、人体概述（二）、口腔生物学及病原生物学总论等多门独立实验课程及课内实验课程，开设实验项目41个，年均学时1584学时，授课学生总人数4206人，人时数169584。实验教学注重病原与免疫基本实验方法与无菌操作技术训练，注重临床科研创新能力提升，注重思政素质提升，全程育人。课程充分利用现代网络便宜，创建网络课程进行线上线下混合式教学；制作塑胶仿真标本，开发虚拟仿真实验降低病原微生物实验生物安全风险；引导学生早临床、早科研、科普实践，反哺教学。

近五年来，实验室人员主持国家自然科学基金4项，博士后基金、重庆市科委、教委及渝中区科研课题10项，发表SCI论文31篇；主持教学研究课题8项，主编参编教材12本，发表教学论文12篇。指导本科生参与课外创新实验，发表SCI论文6篇，14人分别获得全国大学生生命科学竞赛一等奖、第七届全国大学生基础医学创新研究及实验设计大赛一等奖、十七届“挑战杯”全国大学生课外科技作品大赛特等奖（市级）等多个奖项。